Os anticorpos anti-TPO geralmente são encontrados em conjunto com anti-Tg na maioria dos casos de tireoidite de Hashimoto, Mixedema Primário e doença de Graves. A relação de doença auto-imune da tireóide para gravidez tem sido alvo de considerável interesse com o reconhecimento da síndrome da doença da tireóide pós-parto. Anticorpos anti-TPO são demonstráveis na maioria dos casos de tireoidite pós-parto e notou-se que a presença de auto-anticorpos na gravidez precoce foi associada ao alto risco de hipotireoidismo assintomático pós-parto. É comum encontrar anticorpos anti-TPO na ausência de auto-anticorpos para tireoglobulina, particularmente em pacientes com pequeno bócio e até 64% dos casos de hipotireoidismo autoimune foram reportados como sendo associados somente aos anticorpos anti-TPO. Adicionalmente, anticorpos anti-TPO são frequentemente encontrados em pacientes com outras doenças auto-imunes tais como: Artrite Reumatóide, Doença de Addison e Diabetes Tipo I. Eles também são detectados em níveis baixos em até 20% dos indivíduos assintomáticos, particularmente nos idosos e mais frequentemente nas mulheres do que nos homens, embora a importância clínica destes auto-anticorpos não esteja clara.